Hitler ra lệnh thực hiện Case Anton, chiếm Corsica và sau đó là cả phần miền nam chưa bị chiếm đóng, trong một hành động phản ứng ngay sau khi Đồng Minh đổ bộ vào Bắc Phi (Chiến dịch Ngọn Đuốc) ngày 8 tháng 11 năm 1942. Sau khi chiến dịch kết thúc ngày 12 tháng 11, các lực lượng quân sự còn lại của chính phủ Vichy bị giải tán. Chính phủ Vichy tiếp tục thực hiện quyền tài phán còn lại của mình tại hầu như toàn bộ mẫu quốc Pháp, với quyền lực còn lại được chuyển cho Laval, cho tới khi chế độ dần sụp đổ sau khi Đồng Minh tấn công tháng 6 năm 1944. Ngày 7 tháng 9 năm 1944, sau khi Đồng Minh đổ bộ vào Pháp, những người còn lại trong chính phủ Vichy bỏ chạy sang Đức và lập ra một chính phủ bù nhìn hải ngoại tại Sigmaringen. Chính phủ này cuối cùng sụp đổ khi thành phố bị quân đội Pháp chiếm tháng 4 năm 1945.

Một phần tính pháp lý còn lại của chính phủ Vichy là do sự tiếp tục mâu thuẫn của các lãnh đạo Anh và Hoa Kỳ. Tổng thống Roosevelt tiếp tục duy trì quan hệ với Vichy và nâng đỡ Tướng Henri Giraud như một nhân vật được ưa chuộng để thay thế Tướng de Gaulle, dù khả năng hoạt động kém của các lực lượng Vichy tại Bắc Phi – Đô đốc François Darlan đã đổ bộ vào Algiers ngày trước Chiến dịch Ngọn đuốc. Algiers là nơi đóng trụ sở Quân đoàn XIX Vichy Pháp, kiểm soát các đơn vị quân sự của chính quyền này ở Bắc Phi. Darlan bị trung lập hóa trong 15 giờ bởi một lực lượng kháng chiến mạnh gồm 400 lính Pháp. Roosevelt và Churchill đã chấp nhận Darlan, chứ không phải de Gaulle, là lãnh đạo tại Bắc Phi. De Gaulle còn không được thông tin về cuộc đổ bộ tại Bắc Phi.[58] Hoa Kỳ cũng bực mình với việc Pháp Tự do kiểm soát St Pierre và Miquelon ngày 24 tháng 12 năm 1941, bởi Ngoại trưởng Hull tin rằng, việc này can thiệp vào một thỏa thuận giữa Hoa Kỳ và Vichy nhằm duy trì tình trạng hiện tại với sự thừa nhận sự sở hữu lãnh thổ của Pháp tại tây bán cầu.

Sau cuộc đổ bộ vào Pháp qua Normandy và Provence (Chiến dịch Lãnh chúa và Chiến dịch Dragoon) và sự bỏ chạy của các lãnh đạo Vichy, Hoa Kỳ, Anh Quốc và Liên Xô cuối cùng công nhận Chính phủ Lâm thời Cộng hòa Pháp (GPRF), dưới sự lãnh đạo của de Gaulle, là chính phủ hợp pháp của Pháp ngày 23 tháng 10 năm 1944. Trước hành động này, sự trở lại đầu tiên của chế độ dân chủ với Mẫu quốc Pháp từ năm 1940 đã diễn ra với tuyên bố Cộng hòa Tự do Vercors ngày 3 tháng 7 năm 1944, theo chỉ thị của chính phủ Pháp Tự do—nhưng hành động này của Kháng chiến đã bị đàn áp bởi một cuộc tấn công áp đảo của Đức vào cuối tháng 7.

Bắc Phi

Tại Bắc Phi, sau ngày 8 tháng 11 năm 1942 cuộc nổi dậy của kháng chiến Pháp khiến hầu hết nhân vật trong chính phủ Vichy bị bắt giữ (gồm cả Tướng Alphonse Juin, tổng chỉ huy tại Bắc Phi và Đô đốc Darlan). Tuy nhiên, Darlan được thả và Tướng Mỹ Dwight D. Eisenhower cuối cùng chấp nhận việc ông tự phong là cao ủy của Bắc Phi và Tây Phi thuộc Pháp (Afrique occidentale française, AOF), một hành động khiến de Gaulle nổi giận, ông từ chối công nhận vị thế của Darlan. Sau khi Darlan ký một thỏa thuận ngừng bắn với Đồng Minh và chiếm quyền lực tại Bắc Phi, Đức vi phạm thỏa thuận ngừng bắn năm 1940 và xâm lược nước Pháp Vichy ngày 10 tháng 11 năm 1942 (chiến dịch được đặt tên hiệu Case Anton), gây ra vụ đánh đắm hạm đội Pháp tại Toulon.

Giraud tới Algiers ngày 10 tháng 11, đồng ý phụ thuộc vào Darlan làm chỉ huy quân đội châu Phi Pháp. Thậm chí khi ấy ông đang ở trại của Đồng Minh, Darlan tiếp tục duy trì hệ thống đàn áp của chính phủ Vichy tại Bắc Phi, gồm cả các trại tập trung ở miền nam Algérie và các đạo luật phân biệt sắc tộc. Những người bị giam giữ bị buộc phải làm việc trên tuyến đường sắt Transsaharien. Các hàng hóa của người Do Thái bị "aryan hóa" (ví dụ, cướp đoạt), và một Sở đặc biệt về vấn đề Do Thái được lập ra, dưới sự lãnh đạo của Pierre Gazagne. Nhiều trẻ em Do Thái bị cấm tới trường, một điều mà thậm chí chính phủ Vichy còn không thực hiện ở mẫu quốc Pháp.[58] Vị đô đốc bị giết ngày 24 tháng 12 năm 1942, tại Algiers bởi người thanh niên theo chủ nghĩa quân chủ là Bonnier de La Chapelle. Dù de la Chapelle từng là một thành viên của nhóm kháng chiến của Henri d'Astier de La Vigerie, mọi người tin rằng anh ta hành động một mình.

Sau vụ ám sát Đô đốc Darlan, Giraud trên thực tế trở thành người kế vị ông ta tại châu Phi thuộc Pháp với sự hỗ trợ của Đồng Minh. Điều này xảy ra thông qua một loạt các cuộc tư vấn giữa Giraud và de Gaulle. De Gaulle muốn theo đuổi một vị trí chính trị tại Pháp và đồng ý để Giraud làm chỉ huy quân đội, bởi ông ta là người có trình độ quân sự cao hơn. Điều đáng đặt vấn đề là ông ta đã ra lệnh bắt giữ nhiều lãnh đạo kháng chiến đã giúp quân đội của Eisenhower, mà không hề gặp phải sự phản đối nào của đại diện của Roosevelt, Robert Murphy. Sau này, người Mỹ đã cử Jean Monnet tới bàn bạc với Giraud và gây áp lực buộc ông ta phải rút lui các đạo luật của Vichy. Sau những cuộc đàm phán khó khăn, Giraud đồng ý rút bỏ các đạo luật phân biệt chủng tộc, và trả tự do cho những tù nhân của chế độ Vichy tại các trại tập trung ở miền nam Algeria. Nghị định Cremieux, trao quốc tịch Pháp cho người Do Thái tại Algeria và từng bị chính phủ Vichy rút bỏ, lập tức được Tướng de Gaulle khôi phục.

Giraud đã tham gia Hội nghị Casablanca, với Roosevelt, Churchill và de Gaulle, vào tháng 1 năm 1943. Các quốc gia Đồng Minh đàm phán về chiến lược chung trong cuộc chiến, và công nhận sự đồng lãnh đạo Bắc Phi của Giraud và de Gaulle. Henri Giraud và Charles de Gaulle sau đó trở thành đồng chủ tịch của Comité français de la Libération Nationale, thống nhất Các Lực lượng Pháp Tự do và các lãnh thổ do họ kiểm soát và đã được thành lập vào cuối năm 1943. Chế độ dân chủ được tái lập tại Algeria thuộc PHáp, và những người Cộng sản cùng người Do Thái được thả ra khỏi các trại tập trung.[58]

Vào cuối tháng 4 năm 1945 Pierre Gazagne, thư ký của chính phủ dưới sự lãnh đạo của Yves Chataigneau, lợi dụng sự vắng mặt của ông ta trục xuất lãnh đạo chống đế quốc Messali Hadj và bắt giữ các lãnh đạo đảng của ông ta, Đảng Nhân dân Algeria (PPA).[58] Vào ngày Giải phóng Pháp, GPRF sẽ đàn áp mạnh một cuộc nổi dậy ở Algeria trong vụ thảm sát Sétif ngày 8 tháng 5 năm 1945, vụ việc đã bị một số nhà sử học coi là "sự bắt đầu của Chiến tranh Algeria".[58]

Độc lập của SOL

Năm 1943 dân quân cộng tác Service d'ordre légionnaire (SOL), dưới sự lãnh đạo của Joseph Darnand, trở thành độc lập và chuyển thành "Milice française" (Dân quân Pháp). Về chính thức nằm dưới sự chỉ huy của Pierre Laval, SOL nằm dưới sự lãnh đạo của Darnand, người cũng giữ một chức vụ trong SS và đã tuyên thệ trung thành với Hitler. Dưới sự chỉ huy của Darnand và những kẻ dưới quyền, như Paul Touvier và Jacques de Bernonville, Dân quân chịu trách nhiệm giúp đỡ các lực lượng Đức và cảnh sát trong việc đàn áp Kháng chiến Pháp và Maquis.

Ngoài ra, Milice tham gia với lực lượng Gestapo trong khu vực dưới sự lãnh đạo của Klaus Barbie lùng bắt kháng chiến và những sắc tộc thiểu số gồm cả người Do Thái để chuyển tới các trại giam giữ như Trại trục xuất Drancy, trên đường tới Auschwitz, và những trại tập trung khác của Đức, gồm cả Dachau và Buchenwald.